В 1897 году Московско-Виндаво-Рыбинское отделение железной дороги начало строительство железнодорожной линии Москва - Виндава (Вентспилс) через Великие Луки. Рядом с тем местом, где начали строить станцию, было несколько деревень. Железнодорожную станцию построили недалеко от деревни Сокольники, которая, по сути, дала название новой станции. 11(24) сентября 1901 года через станцию Новосокольники прошел первый поезд по маршруту Новосокольники - Дно. Эта дата считается днём основания города.
Кирпичная на каменном фундаменте однопрестольная церковь построена в 1912 году управлением Московско-Виндавской железной дороги с участием железнодорожных служащих и жителей станции и посёлка Новосокольники на земле, отчуждённой для нужд железной дороги. Освящение церкви совершил 19 августа (1 сентября) 1912 года епископ Псковский и Порховский Евсевий (Гроздов) в присутствии начальников дороги Святицкого, Харламова, Старицкого и членов строительного комитета. После освящения епископ обратился к собравшимся со словами назидания на слова
«Вы - храм Божий есте и Дух Божий живет в вас»Колокольня была временная деревянная, стояла отдельно от церкви, на ней было 9 колоколов. Первый колокол весил 124 п. 13 ф., вес второго колокола - 43 п. 35 ф., третьего - 14 п. 12 ф., четвёртого - 8 п. 30 ф., пятого - 4 п. 3 ф., шестого - 2 п. 4 ф., седьмого - 1 п. 7 ф., восьмого - 22. ф., девятого - 14. ф. Епископ Псковский и Порховский Евсевий вновь посетил Николаевскую церковь 7 июля 1916 года.
В приходе находилась двухклассная школа Министерства народного просвещения, которая содержалась управлением железной дороги. В 1915 году в ней обучалось 210 мальчиков и 161 девочка. Кроме министерской, была земская школа, в которой в 1915 году обучалось 55 мальчиков и 45 девочек. В церкви служили священник и псаломщик. Жалование им платило управление железной дороги. Священник Евгений Петрович Троицкий родился в семье священника в 1878 году в погосте Окни Великолукского уезда. После окончания Псковской духовной семинарии служил псаломщиком в погосте Высокое Порховского уезда, где рукоположен в сан священника. С 19 июня 1912 года о. Евгений служил в Новосокольниках, преподавал Закон Божий в министерской и земской школах. Где священник служил в дальнейшем - неизвестно. 19 марта 1929 года священник Троицкий арестован, приговорён к 3 годам высылки в Сибирь. Повторно его арестовали 2 апреля 1937 года, но 5 июля 1937 дело прекратили. Еще раз его арестовали 19 июля 1945 года и приговорили к 10 годам лишения свободы. Дата и место смерти священника неизвестны, реабилитировали его 11 декабря 1998 года. Псаломщик Александр Васильевич Виноградов был сыном крестьянина, родился в 1878 году, обучался в Алферовской учительской семинарии Вяземского уезда Смоленской губернии. Затем Александр Васильевич выдержал экзамен на звание учителя церковно-приходской школы с правом преподавания церковного пения, учительствовал в школах Смоленской и Тверской губерний, в 1912 году по прошению переведён учителем в Новосокольническое министерское училище, 31 декабря 1912 года утверждён псаломщиком.
Приход составляли посёлок Новосокольники, деревни Шаропупово и Семенцено. В 1915 году в приходе проживало 692 мужчины и 690 женщин.
В 1925 году церковь еще была действующей. Видимо, временная деревянная колокольня обветшала, т.к. 14 июля 1925 церковный совет сообщал Новосокольническому волисполкому о том, что началось строительство каменной (кирпичной) колокольни согласно плану, утвержденному уисполкомом и уездным архитектором. Техник волисполкома Иванов следить за строительством отказался, поскольку он был занят «на целые сутки». Правление железной дороги заявило церковному совету, что с его стороны нет оснований препятствовать строительству, но 14 августа оно же секретно сообщило в Псковский губисполком о том, что такое строительство начато в полосе отчуждения «при имеющейся там церкви». Этот участок земли стал нужен правлению «для отдыха членов профсоюза железнодорожного транспорта и прочих целей», а звон колоколов будет мешать работе телеграфа. Профсоюз заявил, что колокольня «лишает возможности иметь единственное место под открытые митинги», что на станции нет «площади для занятий и развлечений отрядов юных пионеров». 17 августа 1925 года правление дороги вновь обратилось в губисполком, в котором указывалось, что строящаяся колокольня займёт площадь больше, чем прежняя: 2 x 2,6 сажени вместо 2 x 2 сажени, жаловалось на «недопустимое положение захвата площади посёлка». Началась секретная переписка Псковского губисполкома с Великолукским уисполкомом и правлением железной дороги: «расследовать: кем дано распоряжение и на каких основаниях производится на указанном месте постройка данной колокольни», указывалось на необходимость хотя бы приостановить стройку, если нет необходимых разрешений. Великолукский уисполком 7 сентября 1925 года сообщал, что колокольня «возведена без надлежащего утверждения проекта», но приостановить строительство невозможно, поскольку оно уже завершено. Сообщалось, что план не был утверждён губернским инженером, но сотрудником Великолукского уисполкома Розовым план зарегистрирован. Розов был обвинён в злоупотреблении служебным положением, его решили «привлечь к ответственности в порядке уголовном или дисциплинарном, в зависимости от обстоятельств, которые расследованием будут выяснены».
Выяснилось, что построена каменная колокольня на месте прежней деревянной, «которая была перед началом работ разобрана». Заведующий губернским отделом местного хозяйства со своей стороны сообщал, «что оснований для наложения дисциплинарного взыскания на должностных лиц, утвердивших проект постройки колокольни и разрешивших постройку, не имеется», т.к. это произошло до издания какого-то постановления губисполкома, регулировавшего подобные вопросы. Переписка тянулась с августа 1925 года до февраля 1927 года, поскольку Великолукский уисполком за это время не ответил ни на одно из 9 (!) писем губисполкома. Великолукский уисполком резонно ответил только 14 февраля 1927 года, что в свое время правление железной дороги не возражало против строительства колокольни, проект колокольни уездным архитектором «утверждён на общих основаниях ... в пределах предоставленных ему для сего прав.» 22 февраля 1928 г. церковь закрыта. В годы Великой Отечественной войны немцы взорвали церковь при отступлении.
В 1946 году руины разобрали, кирпич использовали для новых построек, купол погрузили на железнодорожную платформу, отвезли подальше и сбросили между путями. 6 июня 1925 года станция Новосокольники стала городом, с 1 августа 1927 года Новосокольники - районный центр. В конце XX века в городе построена новая Николаевская церковь.